Johan blev gift med Mette Christine Aystrup den 11 dec. 1789 i Torup sogn, Frederiksborg amt. Mette blev født i 1763; døde den 1 okt. 1807 i Viborg, Viborg amt. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Johan Georg Ludvig Weiskopf blev født i 1791; og døde.
2. Theodora Sophie Cathrine Weiskopf blev født i 1793; og døde.
3. Erneste Henriette Kirstine Weiskopff blev født i aug. 1798 i Sakskøbing sogn, Maribo amt; blev døbt den 24 aug. 1798 i Sakskøbing sogn, Maribo amt; og døde.
4. Frantz Henrich Conrad Weiskopf blev født den 16 dec. 1800 i Frederiks Tyske kirke sogn, København; blev døbt den 19 feb. 1801 i Frederiks Tyske kirke sogn, København; og døde.