Peder blev gift med Anna Kirstine Ottesen Weinkopf den Ja, dato ukendt. Anna (datter af Otto Hans Henrik Weinkoff Christophersen og Karen Antonidatter) blev født den 7 jun. 1757 i Skagen sogn, Hjørring amt; og døde. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Else Margrethe Pedersen blev født i nov. 1793 i Trinitatis sogn, København; blev døbt den 1 dec. 1793 i Trinitatis sogn, København; og døde.
2. Thomas Adolph Pedersen blev født i jul. 1796 i Trinitatis sogn, København; blev døbt den 13 jul. 1796 i Trinitatis sogn, København; og døde.