Niels blev gift med Lovise Amalie Weikop den 7 jul. 1867 i Sankt Pauls kirke, Sankt Paul sogn, København. Lovise (datter af Ludvig Georg Weikop og Marie Sophie Nicoline Truelsen) blev født den 16 maj 1842 i Fødsels og plejestiftelsen, København; blev døbt den 17 maj 1842 i Fødsels og plejestiftelsen, København; døde den 1 aug. 1882 i Sankt Hans hospital, Roskilde, Roskilde amt; blev begravet den 6 aug. 1882 i Garnision sogn, København. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Lisette Jutta Emilie Hansen blev født i 1875 i København; og døde.

Niels blev gift med Louise Dorthea Sofie Jacobsen den 18 feb. 1883 i København. Louise blev født i 1864; og døde. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Niels Peter Louis Harpsøe blev født i 1884; og døde.
2. Holger Edvin Leonhardt Harpsøe blev født i 1885; og døde.
3. Gudrun Rosa Dorthea Harpsøe blev født i 1888; og døde.
4. Udøbt Harpsøe blev født i 1890; døde før 1901.
5. Oda Sofie Harpsøe blev født i 1891; og døde.
6. Sigfred Wigtor Harpsøe blev født i 1894 i København; og døde.
7. Udøbt Harpsøe blev født i 1901 i København; og døde.