Jens blev gift med Oline Nielsdatter den 27 maj 1838 i Garnision sogn, København. Oline (datter af Niels Sørensen og Ingeborg Olsdatter) blev født den 6 jan. 1812 i Annisse sogn, Frederiksborg amt; blev døbt den 23 feb. 1812 i Annisse kirke, Annisse sogn, Frederiksborg amt; og døde. [Gruppeskema] [Familietavle]

1. Andreas Skoubye blev født den 14 jul. 1838 i Garnision sogn, København; og døde.
2. G. H. C. Skoubye blev født i 1841; og døde.
3. Niels Carl Skoubye blev født i 1844; og døde.
4. Johan Carl Christian Skoubye blev født i 1848; og døde.
5. Niels Peter Julius Skoubye blev født i 1851; og døde.
6. Johanne Christine Caroline Skoubye blev født i 1853; og døde.
7. Jørgine Jensine Emilie Skoubye blev født i 1857; og døde.